Obec Moravský Žižkov leží v severní části břeclavského okresu. Na severu a severozápadě sousedí s Velkými Bílovicemi, na východě s Prušánkami v okrese Hodonín, na jihozápadě s Ladnou, na jihu s Břeclaví, na jihovýchodě s Hruškami. Na jihu se hranice žižkovského katastru velmi blíží výběžkům katastrů Tvrdonic a Kostic.
Rozlehlá a lidnatá vesnice leží v mělkém údolí na pravém břehu Prušáneckého potoka, ve výši 190 m.n.m., severně od Dyjskosvrateckého a severozápadně od Dolnomoravského úvalu. Území, na němž se Moravský Žižkov rozkládá, bylo osídleno již v neolitu.